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三江源自然保护区在玉树通天河内。长江源是世界高海拔地区生物多样性特点最显著的地区，被誉为高寒生物自然种质资源库。三江源地区具有独特而典型的高寒生态系统，为中亚高原高寒环境和世界高寒草原的典型代表。植被类型有针叶林、阔叶林、针阔混交林、灌丛、草甸、草原、沼泽及水生植被、垫状植被和稀疏植被等9个植被型，可分为14个群系纲、50个群系。区内国家二级保护植物有油麦吊云杉、红花绿绒蒿、虫草3种，列入国际贸易公约附录Ⅱ的兰科植物31种；青海省级重点保护植物34种。野生动物有兽类85种，鸟类237种(含亚种为263种)，两栖爬行类48种。国家重点保护动物有69种，其中国家一级重点保护有藏羚、野牦牛、雪豹等16种，国家二级重点保护动物有岩羊、藏原羚等35种引。
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